Исааковская икона Рождества Пресвятой Богородицы была явлена в 1659 году неподалеку от села Исаакиевского Ярославской епархии. Крестьяне, находившиеся в то время в лесу и увидевшие образ в ветвях ивы, хотели перенести икону в свое село, но не смогли. Тогда они обратились к священнику, и он, облачившись, в сопровождении причта и народа, со священными хоругвями отправился на место явления образа Божией Матери. От иконы, находившейся в ветвях ивы, исходил необычайный свет, подобный солнечному. После молебного пения священник благоговейно снял икону с дерева и перенес в село Исаакиевское в приходский храм. Однако на следующий день новоявленной иконы в храме не оказалось. Она была на том самом месте, где ее впервые нашли. На месте явления чудотворной иконы построили часовню, вокруг которой постепенно образовался скит.

С благословения святителя Ионы, митрополита Ярославского и Ростовского, в 1662 году на месте часовни был построен деревянный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы. В 1758 году вместо деревянного был построен каменный храм, в который и перенесли чудотворный образ. С 1766 года Исаакова пустынь была причислена к заштатным монастырям, а Исааковская икона Божией Матери крестными ходами переносилась в храмы Вологодской и Ярославской епархий.